एमटीसीसी वैज्ञानिक माइक्रोबियल विविधता, टैक्सोनॉमी और पर्यावरण जैव प्रौद्योगिकी से संबंधित अनुसंधान गतिविधियों में सक्रिय रूप से शामिल हैं। एमटीसीसी वैज्ञानिकों द्वारा बैक्टीरिया, एक्टिनोमाइसेट्स और यीस्ट के लगभग 100 नए टैक्सा (जेनेरा और प्रजातियां) का वर्णन किया गया है। पिछले एक दशक के दौरान लगभग 100 शोध पत्र प्रकाशित करने के बाद, एमटीसीसी ने अब स्व्यं को माइक्रोबियल टैक्सोनॉमी और विविधता अध्ययन में एक अग्रणी केंद्र के रूप में स्थापित कर लिया है।

माइक्रोबायोलॉजिकल और बायोटेक्नोलॉजिकल शोध में शामिल अनुसंधान संस्थान, शैक्षणिक संगठन, फार्मास्युटिकल, बायोटेक और खाद्य उद्योग नियमित रूप से न केवल माइक्रोबियल कल्चनर्स और अन्य माइक्रोबायोलॉजी संबंधित सेवाओं के लिए, बल्कि अनुसंधान परियोजनाओं के निष्पादन के लिए भी नियमित रूप से एमटीसीसी से संपर्क करते हैं।

भारत विभिन्न प्रकार के जलवायु और पारिस्थितिक वातावरण से संपन्न है, जिसमें सूक्ष्मजीवों को अत्यधिक विविध समूहों के लिए आदर्श आवास प्राप्तक होता है। माइक्रोबियल विविधता और संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण (डब्ल्यूजीएस) परियोजनाओं पर अनुसंधान कार्यक्रमों से भारत में माइक्रोबियल विविधता और टैक्सोनॉमी पर हमारे ज्ञान के बेहतर होने की आशा है। एमटीसीसी संग्रह में नए माइक्रोबियल कल्चवर्स को शामिल करना भावी पीढ़ियों द्वारा अपनी जैव-प्रौद्योगिकीय क्षमताओं का अध्ययन करने के लिए नए अवसर प्रदान करता है। भारतीय मूल के माइक्रोबियल प्रकार के उपभेदों के डब्यूूले जीएस और रूचिकर फाइलोजेनेटिक वंशावली के डब्ल्यूजीएस से माइक्रोबियल सिस्टमैटिक्स के क्षेत्र को लाभ होने की आशा है। सक्रिय ग्राहक-अनुकूल उपायों और नई सुविधाओं के चलते आशा की जाती है कि एमटीसीसी अपने ग्राहकों और शोध समुदाय को बेहतर ढंग से सेवाएं प्रदान करने में क्षमता में बढोत्तसरी होगी।